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  由于有些增強子位于啟動子上游,有些位于下游,所以絕緣子的效應并不取決于絕緣子同啟動子的相對位置。因此,對絕緣子效應的方向性的原因還沒有真正弄清楚。目前已發現有兩個基因座以反式活化方式影響絕緣子的功能。懸式高壓玻璃鋼化絕緣子基因S2J(Hw)編碼的核蛋白識別絕緣子,絕緣子同其結合后才有絕緣作用。當該基因突變后,盡管y基因座中插入了絕緣子,但失去了絕緣作用,y在所有組織中都表達。另一個基因座是mod(mdg 4),該基因發生突變后,其效應正好與Su(Hw)相反,即這些突變型都增強了絕緣作用,使絕緣子的絕緣效應不再有方向性而得到擴展,也就是阻斷了上游和下游兩側的增強子的效應。有一種解釋認為先是Su(Hw)同絕緣子DNA結合后,使絕緣子有絕緣效應。mod(mdg4)同Su(Hw)結合,使絕緣子失去絕緣效應;突變的mod(mdg4)不能同Su(Hw)結合,于是絕緣子又增強了絕緣作用。
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